Файл нужно записать в папку tpa/preset/custom например через FAR и сделать перезагрузку (выключить/включить). После этого можно работать со скриптами в default_upgrade.xml через перезагрузку.
Далее скачиваем и устанавливаем приложение. Оно уже подписано Halmer. Устанавливать нужно через JAD файл. После установки нужно выставить полномочия для чтения и записи данных.
При первом запуске нужно настроить алиас для папки "Прочее".
Структура скрытой файловой системы находится в файле fs.txt (в jar файле). Чтобы создать его для своего телефона, если вдруг потребуется, то для этого есть утилитка :
-подключеете телефон к Far
-заходите в FS
-копируете все в какую-нибудь папку на компьютер, например c:\fs
-не важно, что размер файлов будет равен 0
-запускаем hfs.exe
-выбираем папку c:\fs
-жмем Start
-получим файл fs.txt
-распаковываем jar файл
-заменяем файл fs.txt
-архивируем обратно
-подписываем Halmer
-устанавливаем
-теперь приложение имеет "родной" образ скрытой ФС

В приложении выполняем нужные файловые операции. Источником/приемником в открытой ФС может быть только папка /c:/other/ "Прочее" и подпапки в ней.

Заливка файлов в скрытую ФС:
- открываете в скрытой ФС папку, в которую хотите что-нибудь залить
- жмете Open FS и выбираете нужный файл в папке "Прочее" или ее подпапках и жмете Copy
- закрываете приложение, жмете "Yes"
- перезагружаете телефон

Аналогично делается копирование и из скрытой ФС в открытую.

Для установки защищенного ява приложения нужно в Open FS встать на jad или jar файл и выбрать в меню Install.

После выполнения всех операций закрываем приложение и перезагружаем телефон.